新三板实施分层之后，未来会如何发展，还需要拭目以待。不过新三板本身的一些“硬伤”一直被市场所诟病，其中大股东把挂牌公司当成提款机，随意占款；大股东把全部股权质押之后，突然失联；并购重组时的业绩画饼；流动性差、无成交量等问题都长期在新三板公司中存在。有分析认为，新三板的治理工作，任重而道远，除了挂牌公司要自律之外，监管处罚工作也要加强。
问题一：大股东占款
从2015年年底开始，新三板监管政策全面收紧，重中之重是对于大股东占款专项整治。根据今年3月初股转系统关于“主办券商执业质量评价”的一份内部培训讲话文件，股转系统对于在沪深A股市场20余年发展史中屡见不鲜的大股东占款问题十分警觉，明确提出：“在主板治理多年的情形，在新三板死灰复燃”。
去年11月至12月，以凌志环保为典型案例的新三板公司大股东占款问题开始浮出水面，并由此开始了主办券商对大股东占款专项自查，相关结果提交后，各地证监局又进行抽查。2015年报披露工作中，监管层又针对大股东占款问题要求中介机构出具专项报告。
2016年以来，主办券商共发出占用资金情况专项审计报告169篇，发出关联方占款的风险提示性公告71篇。5月份，时空客、爱林至善、中天利等多家公司出现违规占款现象，并遭当地证监局调查或出具监管警示函。爱林至善被控股股东爱林实业、实际控制人唐红琳和总经理张忠文合计借用资金达3371.03万元。中天利则被实际控制人陈琦及其扬州长城企划公司曾对其形成资金占用近2500万元。据悉，被大股东占款的公司多达3000家。
问题二：股权质押
股权质押也是新三板混乱剧情中经典的一幕，个别公司的股东将股权全部质押之后，留下一个烂摊子从此消失无踪。
5月17日，哥仑步公告称，“董事会近期通过快递方式收到魏庆华的辞职报告，其因身体原因辞去董事长兼总经理职务，继续担任公司董事。”随即，其主办券商国泰君安亦发布风险提示性公告，表示“多次电话联系魏庆华拟进行核实，但一直无法取得沟通确认”。而失联背后则是其所持股权的全部质押。早在2月19日，实际控制人魏庆华质押约2862万股给盛山资管，占公司总股本42.72%，质押期限为2016年2月26日至8月25日，资金用于个人用途。
此外，因无法按时披露2015年报，哥仑步已于5月3日起暂停转让。若哥仑步在6月30日之前(含6月30日)仍无法披露2015年报，根据相关规定，哥仑步存在被终止挂牌的风险。这些变故，距离哥仑步挂牌新三板不到5个月。
上演“金蝉脱壳”的公司不止哥仑步一家，ST赛诺达控股大股东刘春义也上演了一出“失联”戏码。
数据显示，截至上周五，今年以来新三板市场共发生908笔股权质押，质押股数共76.92亿股，占全市场总股本的1.75%，不论是质押笔数和质押股数均已超2015年全年。
问题三：画饼式承诺
随着新三板挂牌公司的增多，并购重组风起云涌，但并购重组中的“高估值、高业绩承诺”现象也日益显露。如蓝山科技溢价70倍收购上海易兑；沃格光电拟分别溢价855.63%和2471.00%，收购江西沐阳精密60%股权、深圳沃特佳100%股权；海能仪器溢价1180.36%收购上海新仪微波100%股权……
记者梳理数据中可查的新三板重大重组事项，发现其平均溢价342.69%。其中溢价最高的是天云软件收购中建网络100%股权项目，评估溢价率高达126倍。“高溢价重组本无可厚非，这是企业之间的市场行为。但如果收购双方通过关联交易进行利益输送，掏空挂牌公司，这种情况就应该受到监管层关注。”有业内人士表示。
业内人士的担心并不无道理，拍胸脯保证业绩之后，是不断传来的“啪啪”打脸声。今年4月16日，广西春茂投资股份有限公司(下称“春茂股份”，原名广西汽牛农业机械股份有限公司，下称“汽牛股份”)交出2015年的成绩单——全年实现净利润5746万元，远不及公司董事长全春茂两年前承诺的1.62亿元。按照约定，如果业绩不达标，全春茂应向春茂股份支付补偿金1.05亿元。这是汽牛股份溢价129.71%，收购全春茂名下专营三黄鸡养殖的春茂集团时，双方签订的对赌协议。收购完成后，汽牛股份更名春茂股份。全春茂却表示无法按时筹足资金，希望以股本回购代替现金补偿。但5月4日召开的春茂股份股东大会，没有通过这一提案。
西南证券分析师认为，不排除高估值里存在资产泡沫，因此对预期收益折现时，应该严格考察预估收益的合理性，对于达不到承诺的公司也要进行一定的处罚。
问题四：成交低迷
流动性差、无成交自新三板诞生以来便与之随影而行。记者此前联系到一位新三板的投资者刘先生，他表示，新三板的市道整体低迷，近期一日的成交额只有3亿元左右，全市场的累计成交额甚至不如A股一家A股上市公司的多，为了卖1000股，他需要等好几个交易日。
记者据数据统计，今年以来新三板累计成交金额仅为700亿元，目前全市场的挂牌公司超过7000家，以此简单平均，一家公司的累积成交量仅有1000万元，可以说少得可怜。有近4000家公司挂牌之后，无人问津，进入新三板似乎成了一个中看不中用的摆设。
民生证券新三板研究中心研究员乔志东表示，新三板挂牌企业暂无交易，一方面是因为公司股份改制未满一年，没有可流通股份；另一方面，相当一部分挂牌公司股东人数少、公众化程度低，原股东出于稳定股权结构考虑缺乏交易意愿。